Στην αρμοδιότητα του Τμήματος Διενέργειας Ελέγχων υπάγονται:

• Διενεργεί προγραμματισμένους και έκτακτους ελέγχους επί του συνόλου των υπηρεσιών του Α.Π.Θ., των λειτουργιών, των συλλογικών οργάνων αυτού, των διαδικασιών του, των εκτελούμενων έργων, καθώς και των πληροφοριακών του συστημάτων
• Ελέγχει και παρέχει διαβεβαίωση περί της επάρκειας του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου του Α.Π.Θ. και εισηγείται σχετικές βελτιωτικές προτάσεις
• Ελέγχει την ορθή εφαρμογή των διαδικασιών εκτέλεσης του προϋπολογισμού, σύνταξης και αποστολής στο Υπουργείο Οικονομικών των δημοσιονομικών και λοιπών αναφορών,
• Ελέγχει τη συμμόρφωση του Α.Π.Θ. προς την ισχύουσα νομοθεσία, τους κανονισμούς και τις πολιτικές, που διέπουν τη λειτουργία του
• Ελέγχει τα πληροφοριακά συστήματα ως προς την αποτελεσματικότητά τους για την επίτευξη των στόχων του Α.Π.Θ.
• Συντάσσει αναφορές και εκθέσεις με βάση τα πορίσματα των ανωτέρω ελέγχων και προτάσεων για την αντιμετώπιση πιθανών προβλημάτων και την κοινοποίησή τους στον Πρύτανη
• Χειρίζεται κάθε άλλο συναφές θέμα σχετικό με την πραγματοποίηση των ελέγχων.