Το Τμήμα Διοίκησης έχει τις εξής αρμοδιότητες:

• Διαχείριση συστήματος έκδοσης και παράδοσης Ακαδημαϊκών Ταυτοτήτων του προσωπικού ΑΠΘ.
• Έκδοση Διαπιστωτικών Πρυτανικών Πράξεων εκλογής, ορισμού/τοποθέτησης, αναπλήρωσης, παραίτησης, παράτασης θητείας κλπ. των Κοσμητόρων Σχολών, Προέδρων/Αναπληρωτών Προέδρων Τμημάτων, Διευθυντών Τομέων και Διευθυντών Εργαστηρίων, Κλινικών και Μουσείων.
• Έκδοση Διαπιστωτικών Πρυτανικών Πράξεων συγκρότησης, ανασυγκρότησης, αντικατάστασης μέλους κλπ. των Διοικητικών Συμβουλίων του Ταμείου Διοικήσεως και Διαχειρίσεως Πανεπιστημιακών Δασών του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης και του Ταμείου Διοικήσεως και Διαχειρίσεως του Αγροκτήματος του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.
• Διεξαγωγή κληρώσεων για την συγκρότηση επιτροπών διαγωνιστικών διαδικασιών, καθώς και των εν γένει επιτροπών παράδοσης-παραλαβής προμηθειών, έργων, υπηρεσιών, μελετών.
• Σύνταξη ετήσιου καταλόγου υπόχρεων Δήλωσης Περιουσιακής Κατάστασης ΑΠΘ και ηλεκτρονική καταχώριση του στο πληροφοριακό σύστημα «ΠΟΘΕΝ».
• Διαβίβαση δειγμάτων υπογραφών Πρύτανη, Αντιπρυτάνεων, Κοσμητόρων Σχολών, Προέδρων/Αναπληρωτών Προέδρων  Τμημάτων και Προϊσταμένων των υπηρεσιακών μονάδων του ΑΠΘ στις αρμόδιες υπηρεσίες.
• Παρακολούθηση τήρησης ωραρίου των Ιατρών Εργασίας του ΑΠΘ.
• Γραμματειακή υποστήριξη της Πρωτοβάθμιας Υγειονομικής Επιτροπής του ΑΠΘ.
• Συγκέντρωση στοιχείων και διαβίβαση των αποτελεσμάτων του δειγματοληπτικού ελέγχου μη επικυρωμένων αντιγράφων εγγράφων, ο οποίος διενεργείται από τις υπηρεσιακές μονάδες του ΑΠΘ, στην αρμόδια υπηρεσία.
• Τήρηση καταλόγων/μητρώων Κοσμητόρων Σχολών, Προέδρων και Αναπληρωτών Προέδρων Τμημάτων και Διευθυντών Τομέων.
• Τήρηση καταλόγου Εργαστηρίων, Μουσείων και Κλινικών του ΑΠΘ, καθώς και καταλόγου Διευθυντών των εν λόγω Εργαστηρίων, Μουσείων, Κλινικών.
• Κοινοποίηση στα μέλη της πανεπιστημιακής κοινότητας προκηρύξεων, ανακοινώσεων και προσκλήσεων εκδήλωσης ενδιαφέροντος (ημεδαπής ή αλλοδαπής) από φορείς εκτός ΑΠΘ, καθώς και ενημερωτικών εγκυκλίων φορέων του στενού και ευρύτερου δημόσιου τομέα γενικού ενδιαφέροντος.
• Διεκπεραίωση θεμάτων που αφορούν στη διενέργεια αποσπάσεων εκπαιδευτικών Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, καθώς και μελών ΕΕΠ και ΕΒΠ στα Τμήματα του ΑΠΘ.
•  Σύνταξη καταλόγων για ορισμό πραγματογνωμόνων και διερμηνέων δικαστηρίων.