Στην αρμοδιότητα του υπάγονται η μισθοδοσία του πάσης φύσης προσωπικού του Πανεπιστημίου (Διδακτικού Ερευνητικού Προσωπικού, Ειδικού Διοικητικού – Τεχνικού Προσωπικού, Διοικητικού Προσωπικού, Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού, Εργατοτεχνικού Προσωπικού, κλπ), οι εκκαθαρίσεις των διαφορών  (εξελίξεις, προαγωγές, χρονοεπιδόματα, λοιπά επιδόματα), η χορήγηση πιστοποιητικών και βεβαιώσεων, η εκκαθάριση βοηθημάτων (αρθρ. 71 του Ν. 5343/32), η καταβολή αποζημιώσεων, η εκκαθάριση αμοιβών μαθητών ΟΑΕΔ και φοιτητών ΤΕΙ και ΑΕΙ, οι εκκαθαρίσεις αποζημιώσεων των αλλοδαπών υποτρόφων, η καταβολή ανταποδοτικών υποτροφιών, η αποστολή ετήσιων βεβαιώσεων αποδοχών στη Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών συστημάτων και η συμπλήρωση των οικονομικών στοιχείων του Δ.Α.Υ.Κ των προς συνταξιοδότηση υπαλλήλων.